Nem marad változatlan a játék, új lehetőségeket is tettek bele a fejlesztők.
A The legend of Zelda széria producere, Eiji Aonuma a Famitsu magazinnak elmondta, hogy milyen változtatásokat eszközöltek a fejlesztők a játék kézikonzolra kiadott változatában.
Elsőként fontosnak tartotta megjegyezni, hogy nem egyszerűsítettek semmit a játékon, nem kapnak a kezdők extra fegyvereket, és nem kapnak tippeket sem, ha elakadtak valahol.
A boss fight-okat vsziszont átalakították, hogy azoknak is nyújtson izgalmat a cím, akik korábban már játszottak vele Nintendo 64-en. Ráadásul a világot kibővítették két horgásztóval, ahol kedvünkre lógathatjuk a horgunkat a vízbe.